Lønningsavdelingen er ansvarlig for riktig lønn til riktig tid, til de ansatte ved Helse Stavanger HF.
Avdelingen behandler endringsmeldinger i personalportalen, registrerer nyansatte og meldinger (personalskjema, endring-/sluttmelding) som ikke kan tas i personalportalen. Avdelingen er ansvarlig for offentlig rapportering av A-melding, Kommunal landspensjonskasse, Statens pensjonskasse. Lønningsavdelingen er også ansvarlig for betaling og rapportering av skatt og avgifter.

Regnskapsavdelingen er ansvarlig for at regnskapet blir ført etter regnskapsloven og god regnskapsskikk. Det utarbeides års-, kvartals- og månedsregnskap i tillegg til å utarbeide månedsregnskap for hvert kostnadssted.  Både inngående og utgående faktura blir behandlet i regnskapsavdelingen. Inngående faktura blir skannet inn og videresendt til riktig kostnadssted. Regnskapsavdelingen er også ansvarlig for oppfølging av leverandørers reskontro, remittering og purringer, både inngående og utgående, samt gjestepasientoppgjør. I tillegg har regnskapsavdelingen ansvaret for lager- og anleggsregnskapet (avskrivninger) og avstemmingsarbeidet.