Mange har ingen plager selv om de er smittet.
Kvinner kan få forandret utflod, samt litt blødning ved samleie eller mellom menstruasjonene. Infeksjonen kan gi svie ved vannlating, noe som kan forveksles med blærekatarr. Hvis bakterien sprer seg til egglederne, kan det gi smerter nederst i magen og feber. Da bør behandling skje raskt. Hvis en kvinne har klamydiainfeksjon når hun føder, kan barnet få øyebetennelse og/eller lungebetennelse.
Menn kan få svie eller utflod fra urinrøret, svie ved vannlating, utslett på penishodet og lette smerter i penisroten. Hvis klamydiabakterien sprer seg til bitestiklene, kan det gi infeksjon i pungen. Pungen kan da bli smertefull, rød og hoven.
I sjeldne tilfeller kan klamydia gi leddplager eller infeksjon i øyet.
Klamydiainfeksjon i endetarmen medfører ofte ingen plager.